Установка R на сервер Ubuntu 14.04

Published by Leave your thoughts

R – это язык программирования с открытым исходным кодом, который специализируется на статистических расчетах и графиках. Он широко используется специалистами для разработки программного обеспечения для статистики и проведения анализа данных.

Одним из преимуществ R является его расширяемость, что позволяет пользователям самостоятельно создавать пакеты.Сообщество R отличается своей высокой активностью; здесь часто появляются разнообразные пользовательские пакеты для сбора статистики в различных областях  науки.

Comprehensive R Archive Network (или CRAN) – это набор сайтов (т.н. зеркал) с одинаковым наполнением, которые содержат большое количество пакетов и дистрибутивов R.

Примечание: В данном руководстве используется зеркало RStudio.

Это руководство покажет, как установить R на сервер Ubuntu 14.04. При использовании другой операционной системы будьте внимательны: некоторые команды нужно подкорректировать.

Требования

Для выполнения руководства понадобятся:

  • Сервер Ubuntu 14.04 и 1 GB RAM. Если оперативная память сервера меньше 1 GB, нужно добавить своп-пространство (пошаговое руководство по настройке своп-файла можно найти здесь);
  • Не-рутовый пользователь с правами sudo (подробнее об этом – здесь).

Все команды в данном руководстве выполнены при помощи пользователя с правами sudo; если для выполнения команды нужны права root, начните её с sudo.

1: Настройка APT

Установить R можно при помощи инструмента APT (Advanced Packaging Tool). Он использует списки исходников, при помощи которых можно получить пакет (это файл /etc/apt/sources.list). чтобы получить последнюю поддерживаемую версию R, просто добавьте в этот список необходимый репозиторий. Ссылка, которую нужно добавить, будет варьироваться в зависимости от версии Ubuntu. В Ubuntu 14.04 нужно выполнить следующую команду, чтобы добавить репозиторий в файл /etc/apt/sources.list.

sudo sh -c 'echo "deb http://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu trusty/" >> /etc/apt/sources.list'

Примечание: Если вы работаете в другой версии Ubuntu, обратитесь к этому документу, чтобы узнать, как добавить репозиторий.

Чтобы проверить подлинность пакетов, загруженных с помощью APT, нужно добавить открытый ключ. Архивы Ubuntu на CRAN подписаны ключом ID E084DAB9. Добавьте этот ключ в систему.

gpg --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-key E084DAB9

Затем добавьте ключ в apt.

gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

2: Установка R

Итак, менеджер пакетов APT готов к установке R.

Но сначала нужно обновить список доступных пакетов, поскольку файл sources был отредактирован.

sudo apt-get update

Теперь можно приступать к установке R. Используйте флаг –y, чтобы команда автоматически ответила Yes на все вопросы системы.

sudo apt-get -y install r-base

После завершения установки запустите следующую команду, чтобы убедиться, что всё работает должным образом:

R

На экране появится примерно такой вывод:

R version 3.2.1 (2015-06-18) -- "World-Famous Astronaut"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>

Теперь открыта интерактивная оболочка R, которая позволяет запускать любые команды R.

Чтобы закрыть оболочку и вернуться на сервер, используйте следующую функцию:

q(save = "no")

3: Установка пакетов R с CRAN

Итак, теперь R установлен на сервер, и любой пользователь сервера может использовать этот язык. При установке R автоматически устанавливает ряд стандартных пакетов, но для полноценной работы нужно установить некоторые дополнительные пакеты вручную. Для этого необходимо имеет 1Гб оперативной памяти (или своп-пространства).

Как говорилось ранее, CRAN хранит не только пакет R, но и множество дополнительных пакетов. Чтобы установить необходимые или обновить ранее установленные пакеты, используйте функцию install.packages(). К примеру, чтобы установить пакет somepackage, откройте оболочку R и введите:

# Не запускайте эту команду – это просто пример
install.packages("somepackage")

Пакеты R, установленные определённым пользователем сервера, по умолчанию будут доступны только этому пользователю. То есть, если пользователь user1 установит пакет somepackage, то user2 не сможет использовать этот пакет, пока тоже не установит его.

Но существует способ глобальной установки пакетов R: для этого пакеты нужно установить как root. Для примера попробуйте установить shiny (очень популярный пакет для создания веб-приложений). Для этого можно войти на сервер как пользователь root, запустить R и выполнить команду install.packages(). Однако использовать аккаунт root в повседневной работе не рекомендуется, потому лучше просто запустить команды R с правами root. Параметр repos указывает, что пакеты нужно загрузить из CRAN-репозитория RStudio (собственно, из него и был установлен R).

sudo su - -c "R -e \"install.packages('shiny', repos = 'http://cran.rstudio.com/')\""

Теперь пакет shiny установлен и доступен всем пользователям системы.

Чтобы убедиться, что установка пакета shiny прошла успешно, попробуйте загрузить его. Откройте сессию R:

R

Чтобы загрузить пакет, введите:

library(shiny)

Если команда не вывела сообщений об ошибках, значит, пакет успешно загружен. Чтобы закрыть R:

q(save = "no")

4: Установка пакета devtools

Большинство пакетов R хранится на CRAN и доступно для установки с помощью команды ininstall.packages(). Однако есть и такие пакеты, которые хранятся только на GitHub. Для установки пакетов R с GitHub нужен пакет devtools.

Пакет devtools имеет три зависимости: libcurl4-gnutls-dev, libxml2-dev и libssl-devc. Нужно предварительно установить их:

sudo apt-get -y install libcurl4-gnutls-dev libxml2-dev libssl-dev

Теперь система готова к установке devtools. Его нужно установить глобально, так как он пригодится всем пользователям.

sudo su - -c "R -e \"install.packages('devtools', repos='http://cran.rstudio.com/')\""

Выполнение данной команды займёт несколько минут.

5: Установка пакетов R с GitHub

После установки devtools можно устанавливать пакеты R с GitHub; для этого используется функция install_github(). Как и в случае с пакетами CRAN, при установке пакетов с GitHub нужно запусткать команду из оболочки системы, чтобы сделать пакет доступным для всех пользователей. Попробуйте установить shinyjs – расширение пакета shiny. Пакеты на GitHub определяются по имени автора (daattali) и собственно имени пакета (shinyjs).

sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\""

Попробуйте загрузить пакет shinyjs, чтобы убедиться, что он успешно установлен. Откройте сессию R:

R

И загрузите пакет с помощью команды:

library(shinyjs)

Эта команда может вывести несколько общих сообщений, но среди них не должно быть сообщений об ошибках. Закройте сессию:

q(save = "no")

Дополнительные рекомендации

Итак, теперь язык программирования R успешно установлен на сервер.

Чтобы узнать о R больше, посетите официальный сайт проекта или попрактикуйтесь в его использовании при помощи интерактивного пакета swirl.

Подробности о CRAN можно найти на официальном сайте репозитория.

Подробнее об установке сервера RStudio можно прочесть здесь.

Чтобы установить сервер Shiny, читайте это руководство.

Tags: , , , ,

Добавить комментарий

Ваш e-mail не будет опубликован. Обязательные поля помечены *


*

Можно использовать следующие HTML-теги и атрибуты: <a href="" title=""> <abbr title=""> <acronym title=""> <b> <blockquote cite=""> <cite> <code> <del datetime=""> <em> <i> <q cite=""> <strike> <strong>