Установка R в Debian 9

R – это популярный открытый язык программирования, который специализируется на статистических расчетах и графиках. Он широко используется в разработке программного обеспечения для сбора статистики и проведения анализа данных. Одним из преимуществ R является его расширяемость. Сообщество R постоянно добавляет новые пользовательские пакеты, которые можно применить для сбора статистики в различных областях науки.

Данный мануал научит вас устанавливать R и добавлять пакеты из Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Требования

1: Установка зависимостей

Поскольку R – быстро развивающийся проект, его последняя стабильная версия не всегда доступна в репозиториях Debian, поэтому нужно добавить внешний репозиторий, поддерживаемый CRAN. Для этого необходимо установить некоторые зависимости для образа Debian 9.

Для выполнения сетевых операций, которые управляют и загружают сертификаты, нужно установить dirmngr – он поможет добавить внешний репозиторий.

sudo apt install dirmngr --install-recommends

Чтобы добавить ссылку PPA на Debian, нужно использовать команду add-apt-repository. В установках, где эта команда может быть недоступна, вы можете добавить эту утилиту, установив software-properties-common:

sudo apt install software-properties-common

Чтобы обеспечить поддержку HTTPS и безопасных протоколов, установите этот инструмент:

sudo apt install apt-transport-https

2: Установка R

Теперь, чтобы получить последнюю версию R, добавьте внешний репозиторий, поддерживаемый CRAN.

Примечание: CRAN предоставляет надёжную поддержку репозиториев, однако следует помнить, что не все внешние репозитории безопасны. Устанавливайте пакеты только из надёжных источников.

Добавьте GPG ключ:

sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'

Команда выведет:

Executing: /tmp/apt-key-gpghome.k3UoM7WQGq/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <johannes.ranke@jrwb.de>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg:               imported: 1

Теперь на сервере есть доверенный ключ, с помощью которого он проверит подлинность репозитория, и можно добавить сам репозиторий:

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/'

Примечание: Если вы не используете Debian 9, вы можете найти соответствующий релиз в этом списке.

Обновите индекс пакетов, чтобы добавить списки пакетов из нового репозитория.

sudo apt update

Вы должны увидеть в выводе такие строки:

...
Get:6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ InRelease [4,371 B]
Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ Packages [50.1 kB]
...

Если в выводе команды вы увидели подобную строку, репозиторий успешно добавлен. Теперь можно установить R:

sudo apt install r-base

Нажмите у, чтобы подтвердить установку.

На момент написания статьи последней версией CRAN является 3.5.1, вы увидите её во время запуска R.

Чтобы библиотеки R были доступны для всех системных пользователей, запустите R как пользователь root. Если вы хотите настроить персональную библиотеку для своего пользователя, запустите команду R без sudo.

sudo -i R
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>

Если на экране появился такой вывод, значит, установка R прошла удачно, и теперь вы можете взаимодействовать с интерактивной оболочкой программы.

3: Установка пакетов R из CRAN

Одна из причин популярности R – это огромное количество вспомогательных пакетов и аддонов. Для примера попробуйте установить txtplot, библиотеку графиков ASCII (она включает поддержку точечных, линейных графиков, гистограмм и т.п.).

install.packages('txtplot')

Примечание: Следующий вывод сообщает расположение пакета:

...
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .

Этот путь доступен потому, что ранее вы запустили R как root. Отсюда можно сделать пакет доступным для других пользователей.

После завершения установки можно загрузить txtplot:

library('txtplot')

Если на экране не появилось уведомлений об ошибках, значит, загрузка библиотеки прошла успешно. Попробуйте поработать с ней и построить простой график с осью меток. В качестве примера используются данные пакета datasets, который  содержит скорость и тормозной путь автомобилей на основе данных 1920-х годов:

txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
......+----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
..120 +                                                   *    +
......|                                                        |
d 100 +                                                   *    +
i     |                                    *                *  |
s  80 +                          *         *                   +
t     |                                       * *    *    *    |
a  60 +                          *  *      *    *      *       +
n     |                        *         * *  * *              |
c  40 +                *       * *    *  *    * *              +
e     |         *      *  * *  * *  *                          |
...20 +           *    *  * *       *                          +
......|  *      *    *                                         |
....0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
5          10           15          20          25
speed

Примечание: Чтобы узнать о txtplot больше, используйте help(txtplot) в интерпретаторе R.

Любой предварительно скомпилированный пакет можно установить из CRAN с помощью install.packages(). Чтобы узнать больше о доступных пакетах, изучите список официальных пакетов.

Заключение

Язык программирования R успешно установлен на сервер. Теперь вы можете установить открытый сервер RStudio, интерфейс для R на удаленном сервере Linux, который предоставляет IDE.

Читайте также:

Tags: , , ,