Установка R в Debian 9
Debian | Комментировать запись
R – это популярный открытый язык программирования, который специализируется на статистических расчетах и графиках. Он широко используется в разработке программного обеспечения для сбора статистики и проведения анализа данных. Одним из преимуществ R является его расширяемость. Сообщество R постоянно добавляет новые пользовательские пакеты, которые можно применить для сбора статистики в различных областях науки.
Данный мануал научит вас устанавливать R и добавлять пакеты из Comprehensive R Archive Network (CRAN).
Требования
- Сервер Debian 9, настроенный по этому мануалу.
- Минимум 1 Гб оперативки.
1: Установка зависимостей
Поскольку R – быстро развивающийся проект, его последняя стабильная версия не всегда доступна в репозиториях Debian, поэтому нужно добавить внешний репозиторий, поддерживаемый CRAN. Для этого необходимо установить некоторые зависимости для образа Debian 9.
Для выполнения сетевых операций, которые управляют и загружают сертификаты, нужно установить dirmngr – он поможет добавить внешний репозиторий.
sudo apt install dirmngr --install-recommends
Чтобы добавить ссылку PPA на Debian, нужно использовать команду add-apt-repository. В установках, где эта команда может быть недоступна, вы можете добавить эту утилиту, установив software-properties-common:
sudo apt install software-properties-common
Чтобы обеспечить поддержку HTTPS и безопасных протоколов, установите этот инструмент:
sudo apt install apt-transport-https
2: Установка R
Теперь, чтобы получить последнюю версию R, добавьте внешний репозиторий, поддерживаемый CRAN.
Примечание: CRAN предоставляет надёжную поддержку репозиториев, однако следует помнить, что не все внешние репозитории безопасны. Устанавливайте пакеты только из надёжных источников.
Добавьте GPG ключ:
sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'
Команда выведет:
Executing: /tmp/apt-key-gpghome.k3UoM7WQGq/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <johannes.ranke@jrwb.de>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg: imported: 1
Теперь на сервере есть доверенный ключ, с помощью которого он проверит подлинность репозитория, и можно добавить сам репозиторий:
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/'
Примечание: Если вы не используете Debian 9, вы можете найти соответствующий релиз в этом списке.
Обновите индекс пакетов, чтобы добавить списки пакетов из нового репозитория.
sudo apt update
Вы должны увидеть в выводе такие строки:
...
Get:6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ InRelease [4,371 B]
Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ Packages [50.1 kB]
...
Если в выводе команды вы увидели подобную строку, репозиторий успешно добавлен. Теперь можно установить R:
sudo apt install r-base
Нажмите у, чтобы подтвердить установку.
На момент написания статьи последней версией CRAN является 3.5.1, вы увидите её во время запуска R.
Чтобы библиотеки R были доступны для всех системных пользователей, запустите R как пользователь root. Если вы хотите настроить персональную библиотеку для своего пользователя, запустите команду R без sudo.
sudo -i R
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>
Если на экране появился такой вывод, значит, установка R прошла удачно, и теперь вы можете взаимодействовать с интерактивной оболочкой программы.
3: Установка пакетов R из CRAN
Одна из причин популярности R – это огромное количество вспомогательных пакетов и аддонов. Для примера попробуйте установить txtplot, библиотеку графиков ASCII (она включает поддержку точечных, линейных графиков, гистограмм и т.п.).
install.packages('txtplot')
Примечание: Следующий вывод сообщает расположение пакета:
...
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .
Этот путь доступен потому, что ранее вы запустили R как root. Отсюда можно сделать пакет доступным для других пользователей.
После завершения установки можно загрузить txtplot:
library('txtplot')
Если на экране не появилось уведомлений об ошибках, значит, загрузка библиотеки прошла успешно. Попробуйте поработать с ней и построить простой график с осью меток. В качестве примера используются данные пакета datasets, который содержит скорость и тормозной путь автомобилей на основе данных 1920-х годов:
txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
......+----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
..120 + * +
......| |
d 100 + * +
i | * * |
s 80 + * * +
t | * * * * |
a 60 + * * * * * +
n | * * * * * |
c 40 + * * * * * * * +
e | * * * * * * * |
...20 + * * * * * +
......| * * * |
....0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
5 10 15 20 25
speed
Примечание: Чтобы узнать о txtplot больше, используйте help(txtplot) в интерпретаторе R.
Любой предварительно скомпилированный пакет можно установить из CRAN с помощью install.packages(). Чтобы узнать больше о доступных пакетах, изучите список официальных пакетов.
Заключение
Язык программирования R успешно установлен на сервер. Теперь вы можете установить открытый сервер RStudio, интерфейс для R на удаленном сервере Linux, который предоставляет IDE.
Читайте также:
- Установка RStudio на облачный сервер Ubuntu
- Установка пакетов R с помощью devtools в Ubuntu 16.04
- Установка Shiny Server в Ubuntu 16.04
