Установка R в Debian 10

R – это популярный открытый язык программирования, который специализируется на статистических расчетах и графиках. Он широко используется в разработке программного обеспечения для сбора статистики и проведения анализа данных. Сообщество R постоянно добавляет новые пользовательские пакеты, которые можно применить для сбора статистики в различных областях науки.

Данный мануал научит вас устанавливать R на сервер Debian 10 и добавлять пакеты из Comprehensive R Archive Network (CRAN).

Требования

1: Установка зависимостей

Поскольку R быстро развивается, его последняя версия не всегда доступна в репозиториях Debian, поэтому нужно добавить внешний репозиторий, поддерживаемый CRAN. Для этого необходимо установить некоторые зависимости для образа Debian 10.

Для выполнения сетевых операций, которые управляют и загружают сертификаты, нужно установить dirmngr – он поможет добавить внешний репозиторий.

sudo apt install dirmngr --install-recommends

Чтобы добавить ссылку PPA на Debian, нужно использовать команду add-apt-repository. В установках, где эта команда может быть недоступна, вы можете добавить эту утилиту с помощью пакета software-properties-common:

sudo apt install software-properties-common

Чтобы обеспечить поддержку HTTPS и безопасных протоколов, установите этот инструмент:

sudo apt install apt-transport-https

2: Установка R

Теперь, чтобы получить последнюю версию R, добавьте внешний репозиторий, поддерживаемый CRAN.

Примечание: CRAN предоставляет надёжную поддержку репозиториев, однако следует помнить, что не все внешние репозитории безопасны. Устанавливайте пакеты только из надёжных источников.

Добавьте GPG ключ:

sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'

Команда выведет:

Executing: /tmp/apt-key-gpghome.y6W4E0Gtfp/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
gpg: key AD5F960A256A04AF: 4 signatures not checked due to missing keys
gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <johannes.ranke@jrwb.de>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg:               imported: 1

Теперь на сервере есть доверенный ключ, с помощью которого он проверит подлинность репозитория, и можно добавить сам репозиторий (найти нужную ветку можно здесь):

sudo add-apt-repository 'deb http://cloud.r-project.org/bin/linux/debian buster-cran35/'

Обновите индекс пакетов, чтобы добавить списки пакетов из нового репозитория.

sudo apt update

Когда команда будет выполнена, вы вернетесь в свою командную строку – это значит, что репозиторий успешно добавлен. Теперь можно установить R:

sudo apt install r-base

Нажмите у, чтобы подтвердить установку.

На момент написания статьи последней версией CRAN является 3.5.1, вы увидите её во время запуска R.

Чтобы библиотеки R были доступны для всех системных пользователей, запустите R как пользователь root. Если вы хотите настроить персональную библиотеку для своего пользователя, запустите команду R без sudo.

sudo -i R
R version 3.5.2 (2018-12-20) -- "Eggshell Igloo"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
You are welcome to redistribute it under certain conditions.
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details.
Natural language support but running in an English locale
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>

Если на экране появился такой вывод, значит, установка R прошла удачно, и теперь вы можете взаимодействовать с интерактивной оболочкой программы.

3: Установка пакетов R из CRAN

Одна из причин популярности R – это огромное количество вспомогательных пакетов и аддонов, разрабатываемых сообществом. Для примера попробуйте установить txtplot, библиотеку графиков ASCII (она включает поддержку точечных, линейных графиков, гистограмм и т.п.).

install.packages('txtplot')

Примечание: Следующий вывод сообщает расположение пакета:


Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .

Этот путь доступен потому, что ранее вы запустили R как root. Отсюда пакет можно сделать доступным для других пользователей.

После завершения установки можно загрузить txtplot:

library('txtplot')

Если на экране не появилось уведомлений об ошибках, значит, загрузка библиотеки прошла успешно. Попробуйте поработать с ней и построить простой график с осью меток. В качестве примера используются данные пакета datasets, который

содержит скорость и тормозной путь автомобилей на основе данных 1920-х годов:

txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
.     +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
. 120 +                                                   *    +
.     |                                                        |
d 100 +                                                   *    +
i     |                                    *                *  |
s  80 +                          *         *                   +
t     |                                       * *    *    *    |
a  60 +                          *  *      *    *      *       +
n     |                        *         * *  * *              |
c  40 +                *       * *    *  *    * *              +
e     |         *      *  * *  * *  *                          |
20    +           *    *  * *       *                          +
.     |  *      *    *                                         |
0     +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
.          5          10           15          20          25
.     speed

Примечание: Чтобы узнать о txtplot больше, используйте help(txtplot) в интерпретаторе R.

Любой предварительно скомпилированный пакет можно установить из CRAN с помощью install.packages(). Чтобы узнать больше о доступных пакетах, изучите список официальных пакетов.

Заключение

Язык программирования R успешно установлен на сервер. Теперь вы можете установить открытый сервер RStudio, интерфейс для R на удаленном сервере Linux, который предоставляет IDE.

Читайте также:

Tags: , ,